A Progenie tem um sistema de auxílio às decisões de seleção e acasalamento baseado em programação matemática inteira que maximiza o índice de seleção personalizado pelo criador, restringindo a endogamia média.
Considerando as diversas restrições e os recursos disponíveis (limite de uso dos touros e vacas) o sistema determina os acasalamentos que maximiza o índice de pedigree da geração seguinte.

Diversas restrições podem ser consideradas:

  • Endogamia Máxima – é o máximo de endogamia permitida no acasalamento. Essa restrição por si só não garante uma sustentabilidade do programa de melhoramento genético, pois é possível ter vários acasalamentos endogâmicos, próximo ao valor do limite estabelecido. Por isso controla-se também a endogamia média. Por exemplo, se o limite máximo for 12,5% e 25% dos acasalamentos tivesse esse valor de endogamia, o valor médio seria 3,125%, mesmo se os outros fossem zero.
  • Endogamia Média – é o limite médio de endogamia permitido. É a forma mais segura de controlar a endogamia, já que estabelecer apenas o limite máximo não é suficiente para isso, uma vez que se sabe que à medida que se busca maximizar o índice genético, ocorre seleção concomitante de indivíduos mais relacionados (parentes). A falta de restrição em alguns sistemas de acasalamento tem aumentado a endogamia dos rebanhos que utilizam ferramentas de auxílio às decisões de acasalamento.
  • Limites de contribuição dos antecedentes – O sistema calcula os antecedentes dos touros e das vacas, bem como a contribuição genética dos mesmos.
    Utilizando essa informação podemos definir limites de mínimo de determinado antecedente para a geração futura, quando pretendemos “salvar” os genes desse ancestral. Também é possível restringir a contribuição de algum antecedente quando o mesmo já tem uma participação muito grande no rebanho.
    Essa restrição propicia um controle da endogamia a longo prazo.
  • Limites de uso dos touros por retiro e por fazenda – essas restrições são consideradas restrições logísticas, uma vez que visa facilitar a distribuição das doses de sêmen tanto nos retiros como na fazenda de uma forma integral.
    Quando se deseja realizar teste de progênie, essa é uma ferramenta muito útil para distribuir uniformemente os touros entre os diferentes grupos de contemporâneo.
  • Ganhos genéticos pré-determinados ou restrição de ganhos – quando se deseja aumentar os ganhos genéticos em determinada característica, utilizando uma restrição de mínimo. Da mesma forma é possível restringir ganhos em características não desejadas, como peso ao nascer, por exemplo. Posso limitar o máximo para não obter acasalamentos com peso ao nascer indesejado.
  • Restrições em características fenotípicas (acasalamento corretivo) – quando os animais possuem escores para características fenotípicas, como por exemplo umbigo, inserção de cauda, linha de dorso etc...é possível realizar restrições em cada característica, realizando acasalamentos que corrijam/complementem a futura progênie.
  • Direcionamento de linhagens (acasalamento dentro ou entre linhagens) – com o conhecimento do pedigree do animal é possível realizar diferentes direcionamentos de linhagens.
  • Determinação da utilização ótima dos touros – o modelo de otimização determina a utilização ótima dos touros.